2 січня 1942 року японські війська без значного бою увійшли до Маніла. Напередодні місто було оголошене відкритим, а американо-філіппінські сили організовано відступили на півострів Батаан, прагнучи уникнути руйнування столиці та масових жертв серед цивільного населення. Операцію зі встановлення контролю над містом здійснили підрозділи Імператорська армія Японії.
Безпосередньо під час входу японців у Манілу бойові втрати з обох боків були мінімальними: зі сторони США та Філіппін — поодинокі поранені, з японської — без підтверджених значних втрат. Основні бої кампанії розгорнулися поза містом, зокрема на Батаані та острові Коррехідор.
Окупація Маніли тривала трохи більше трьох років — з січня 1942-го до лютого 1945 року. За цей час місто зазнало репресій, економічного занепаду та дефіциту продовольства. Найбільші людські втрати припали на фінальний етап війни — битву за Манілу в лютому–березні 1945 року. Тоді загинуло, за різними оцінками, понад 100 тисяч мирних жителів, близько 1 тисячі американських військових і до 16 тисяч японських солдатів. Звільнення міста супроводжувалося майже повним знищенням його історичного центру, що зробило Манілу однією з найбільш постраждалих столиць Другої світової війни.